Os Departamentos de Gestão Académica da FC são unidades orgânicas internas de gestão técnica e apoio à função académica. Estes garantem o suporte das actividades académicas, de investigação, de extensão e administrativas. Estes, por sua vez, integram várias repartições e secções.
Actualmente a Faculdade de Ciências possui três (3) Departamentos desta natureza:
- O Departamento de Qualidade Académica – DeQA
- O Departamento de Registo Académico – DeRA
- Departamento de Tecnologias de Informação e Comunicação